◆組織
協会は、健康保険の被保険者（健康保険組合の被保険者を除く）に係る健康保険事業及び船員保険事業を行い、被保険者及びその被扶養者（加入者）の健康増進を図るとともに、良質かつ効率的な医療が享受できるようにし、もって加入者及び事業主の利益の実現を図ることを目的とする（全国健康保険協会定款第２条）。

協会けんぽ・船員保険の事業に関する業務のうち、被保険者の資格の取得及び喪失の確認、標準報酬月額及び標準賞与額の決定並びに保険料の徴収（任意継続被保険者・疾病任意継続被保険者に係るものを除く）並びにこれらに附帯する業務は、厚生労働大臣が行う（これらは厚生年金と一体となっている業務のためであり、実際には日本年金機構に委任されている）。協会は以下の業務を行う（これらは健康保険・船員保険独自の業務である）。

１、保険給付に関する業務
２、保健事業及び福祉事業に関する業務
３、１、２のほか、協会が管掌する健康保険・船員保険の事業に関する業務であって厚生労働大臣が行う業務以外のもの（被保険者証の発行業務、任意継続被保険者・疾病任意継続被保険者の保険料の徴収等）
４、厚生労働大臣が保険給付（健康保険組合に係る場合を除く）に関して事業主・船舶所有者に対して行う命令、質問、検査等についての権限に係る事務（あらかじめ厚生労働大臣の認可が必要）に関する業務
５、１～４の業務に付帯する業務
６、前期高齢者納付金、後期高齢者支援金及び退職者拠出給付金並びに介護給付金の納付に関する事務
７、健康保険事業、船員保険事業に関する広報の実施、保険料の納付の勧奨その他厚生労働大臣が行う保険料の徴収に係る業務に対する適切な協力

主たる事務所（本部）は東京都千代田区に置き（第７条の４、定款第３条）、都道府県ごとに従たる事務所（支部）がある。協会の本部には、役員として理事長１人、理事６人、監事２人が置かれる。理事長及び監事は、厚生労働大臣が任命するが、理事長の任命にあたってはあらかじめ運営委員会の意見を聴かなければならない。理事は理事長が任命する。
運営委員会は、事業主及び被保険者の意見を反映させ、協会の業務の適正な運営を図るために、本部に設置される。運営委員会は、事業主３名、被保険者３名、学識経験者３名の計９名により構成し厚生労働大臣が任命する。
・定款の変更、事業計画・予算・決算・重要な財産の処分・重大な債務の負担、協会の業務及び組織に関する重要事項その他理事長が業務執行上必要と認めた事項については、理事長はあらかじめ運営委員会の議を経なければならない。運営委員会は、理事長の諮問に応じ、又は必要と認める事項について、理事長に建議することができ、理事長は運営委員会の委員の３分の１以上の委員が審議すべき事項を示して運営委員会の開催を請求したときは、運営委員会を招集しなければならない。

◎協会けんぽ事業
評議会は、都道府県ごとの実情に応じた業務の適正な運営に資するために、支部ごとに設置される。委員は１２名以内とし、事業主、被保険者、学識経験者から支部長が各同数を委嘱し、当該支部の業務の実施について意見を聴く。

◆協会けんぽの運営
◎財政運営
協会は毎事業年度、予算及び事業計画を作成し、当該年度開始前に厚生労働大臣の認可を受けなければならない。また、毎事業年度、財務諸表を作成し、これに事業報告書、決算報告書を添え、監事及び会計監査人の意見をつけて、決算完結後２か月以内に厚生労働大臣に提出し、その承認を受けなければならない。
・２年ごとに、翌事業年度以降５年間の協会が管掌する健康保険事業の収支の見通しを作成し、公表するものとする。
・当該事業年度及びその直前の２事業年度内において行った保険給付に要した費用の額の１事業年度あたりの平均額の１２分の１に相当する額を、剰余金のうちから準備期として積み立てなければならない。
・国庫は、毎年度、予算の範囲内において、健康保険事業の事務の執行に要する費用を負担するとされ、協会の事務費は全額が国庫負担である。また、国庫は、予算の範囲内において、後期高齢者医療制度で定める特例健康審査及び特定保健指導の実施に要する費用の一部を補助することができる。