健康保険組合は、健康保険法に基づき国が行う被用者医療保険事業を代行する公法人である。
監督官庁は厚生労働省の地方支部局である地方厚生（支）局。上部組織として健康保険組合連合会がある。

◆目的
「健康保険の保険者は、全国健康保険協会及び健康保険組合とする」と定められ（第４条）、これに基づき、健康保険組合は、その組合員たる適用事業所の事業主、その適用事業所に使用される被保険者、及び任意継続被保険者で構成される。特定健康保険組合の場合は、さらに特例退職被保険者が含まれる。

◎単一型健康保険組合
健保組合を企業が単独で設立する形式。被保険者要件は常時７００人以上。

◎総合型健康保険組合
同業種の複数の企業が共同で設立する形式。被保険者要件は常時３０００人以上。上部組織として総合健康保険組合協議会がある（根拠法令なき任意団体）

◎地域型健康保険組合
同一都道府県内に展開する健保組合が合併した場合の形式。
2006年の法改正により新たに設けられた。小規模・財政窮迫組合の再編・統合を目的とし、安定した保険運営の困難な組合の受け皿として設立される。同一都道府県に複数設立さえることもあり得る。
・健保組合が分割によって設立される場合は、そのいずれも人数要件を満たさなければならない。

◆設立
適用事業所の事業主が健康保険組合を設立しようとするときは、適用事業所に使用される被保険者の２分の１以上の同意を得て規約を作り、厚生労働大臣の認可を受けなければならない。共同設立の場合は全事業主の同意を得たうえで２分の１以上の同意を各事業所について得なければならない。また、厚生労働大臣は、１又は２以上の強制適用事業所について一定数以上の被保険者を使用する事業主に対し健康保険組合の設立を命ずることができる。事業主がこの命令に従わなかった場合は、その手続の遅延した期間、その負担すべき保険料額の２倍相当額以下の過料に処する。健康保険組合は、設立の認可を受けたときに成立する。健康保険組合が事業所を増加・減少させるときも同様の手続が必要である。
健康保険組合が設立された適用事業所の事業主及びその事業所に使用される被保険者は、たとえ設立に同意しなかった被保険者であっても当該健康保険組合の組合員になる。事業所に使用されなくなったときでも、任意継続被保険者であるときは、なお当該健康保険組合の組合員となる。なお、日雇特例被保険者は、健康保険組合のある事業所に使用される場合であっても、組合員となることはできない。

◆組織
健康保険組合には、役員として理事長１名、及び理事、監事が置かれ、理事会が健康保険組合の執行機関となる。
議決機関として組合会が置かれ、理事長は、毎年度１回通常組合会を招集しなければならない。
健康保険組合は、毎年度、収入支出の予算を作成し、当該年度の開始前に厚生労働大臣に届出なければならない。また、毎年度終了後６月以内に、事業及び決算に関する報告書を作成し、厚生労働大臣に提出しなければならない。健康保険組合は、毎月の事業状況を翌月２０日までに管轄地方厚生局長等に報告しなけれなばらない。

◆解散
健康保険組合は、以下のいずれかの理由により解散する。
・組合会議員の定数の４分の３以上の多数による組合会の議決（厚生労働大臣の認可が必要）
・健康保険組合の事業の継続の不能（厚生労働大臣の認可が必要）
・厚生労働大臣の解散命令
健康保険組合が解散する場合において、その財産をもって債務を完済することができないときは、当該健康保険組合は、設立事業所の事業主に対し、当該債務を完済するために要する費用の全部に相当する額の負担を求めることができる。
解散により消滅した健康保険組合の権利義務は、全国健康保険協会が承継するので、解散後の組合員たる被保険者は、協会けんぽの被保険者となる。

◆健康保険組合連合会
健康保険組合は、共同してその目的を達するため、健康保険組合連合会（健保連）を設立することができる。また、厚生労働大臣は、健康保険組合に対し、組合員である被保険者の共同の福祉を増進するため必要があうと認められるときは、健保連に加入することを命ずることができる。
健保連は、組合間の財源の不均衡を調整するため、会員たる組合に対し交付金の交付の事業を行う。なお、組合は健保連に対し拠出金を供出し、事業主・被保険者は拠出に要する費用に充てるために調整保険料を負担する。

◆組合の特則規定
健康保険組合は、従業員やその家族である被保険者や被扶養者の利益、福利厚生の充実を図ることを目的に設立するものである。そのため、協会けんぽでは認められていない組合独自のサービス等が認められている。
・保険料の負担割合は、協会けんぽでは労使折半が原則であるが、組合健保では規約で定めるところにより事業主の負担割合を増加させることができる。
・ただし、被保険者の負担割合をゼロとすることは適当ではない。
・事業主の負担割合を増加させた場合、その増加割合相当額は、健康保険法上の「報酬」とされない。
・医療機関の窓口で支払う負担金（一部負担金）は、協会けんぽでは原則３割負担であるが、組合指定の病院等では規約により一部負担金の減額・不徴収が行える。また、組合直営の病院等では一部負担気を徴収しない。
・健康保険法で定める保険給付に併せて、規約で定めるところにより、付加給付を行うことができる。具体的には、出産手当金、出産育児一時金、傷病手当金、埋葬料、高額療養費等の支給額の上乗せや支給期間の延長などを定めている健康保険組合が多い。