保険医療機関とは、日本において健康保険法をはじめとする医療保険各法の規定により、厚生労働大臣の指定を受けた病院若しくは診療所のことをいう。
保険診療を行うためには、厚生労働大臣（病院・診療所の所在地を管轄する地方厚生局長に権限委任）の指定を受けたうえで、診療に従事する医師、歯科医師全員が厚生労働大臣の登録を受けた医師（保険医）でなければならない。
厚生労働大臣は、保健医療機関に係る指定を行おうとするとき、若しくはその指定を取り消そうとするときは、地方社会保険医療協議会に諮問するものとする。厚生労働大臣は、保健医療機関の指定をしないこととするとき、若しくはその申請に係る病床の全部若しくは一部を除いて指定（指定の変更を含む）を行おうとするときは、地方社会保険医療協議会の議を経なければならない。

◆保険医療機関の指定
保険医療機関の指定は、病院若しくは診療所の開設者が病床の種別ごとにその数を定めて指定の申請を行う。
指定の期間は指定の日から６年間であるが、保険医である医師の開設する保険医療機関（病院及び病床を有する診療所を除く）であって、その指定を受けた日からおおむね引き続き当該開設者である保険医のみが医療に従事しているもの等については、指定の効力を失う日前６月から同日前３までの間に、別段の申出がないときは、指定の更新があったものとみなされる（個人開業医の自動更新）。
診療所が医師の開設したものであり、かつ、当該開設者である医師のみが診療に従事している場合において、当該医師について保険医の登録があったときは、当該診療所について、厚生労働大臣の指定があったものとみなされる。
健康保険組合直営の病院若しくは診療所は、当該健康保険組合の被保険者・被扶養者のみに対して診療する場合は保険医療機関の指定を受ける必要はなく、医師の全員が保険医である必要はないが、指定を受けると当該組合員以外の者にも開放しなければならなず、診療に従事する医師全員が保険医でなければならない。

◆保険医療機関の指定の取消、辞退
保険医療機関は、その指定を辞退しようとするときは、１月以上の予告期間を設けたうえで、その旨を指定に関する管轄地方厚生局長等に申し出なければならない。